Медвежонок Паддингтон, ставший неотъемлемой частью семьи Браунов в Лондоне, решает навестить свою любимую тётушку Люси в родном Перу. В путешествие он отправляется вместе с Браунами и заботливой миссис Бёрд.
По прибытии в Перу Паддингтон с удивлением узнаёт, что тётушка Люси исчезла из дома престарелых для медведей. Оказывается, она отправилась в загадочный и опасный квест по джунглям Амазонки. Теперь Паддингтону предстоит отправиться на её поиски в самое сердце тропического леса, и помочь своей дорогой тётушке.